本寺成立於民國六十七年（1978），[1]位於淡水興福寮，在淡水與北投交界處的小坪頂附近，是一座尼眾寺廟，由惟宏法師所開山。因地名為興福寮，寺中所供奉的是大慈大悲觀世音菩薩，故命名為「興音寺」。
初期惟澈、惟宏兩位法師[2]從台北來到淡水山上，當時只是一層樓建築，四周荒蕪無住家，僅一位老和尚尼在此修行。兩位法師於是著手整建，將原建築物增建為二層樓，並增購鄰地。在沒有大護法的支持下，陸續將大悲殿、藏經閣等興建完成。民國八十三年（1994），興音寺原道場不敷使用，便將鄰地增建，經三年完工，兩棟樓各有三層，分別是華嚴殿、靜思寮、般若堂、佛光殿、普照殿、大願殿及新廚房。更增設電腦室，處理寺務資料，使得硬體及軟體設備更周全，與信眾的互動更為落實。
民國八十一年（1992），中華佛寺協會成立[3]，興音寺為會員之一，當時中華佛寺協會禮聘印順法師為協會榮譽理事長。[4]興音寺在解嚴後加入中華佛教協會，應該與當時整個台灣佛教大環境向大陸佛教靠攏有關。[5]
隨著道場的逐漸完備，興音寺的寺務也日益蓬勃。本諸中華佛寺協會之「興辦教育文化、慈善公益事業、福利社會」的創辦宗旨，[6]興音寺開始走入社會，長期進行冬令救濟活動[7]之外，並致力推動文化教育社會公益、[8]舉辦兒童學佛營、協辦宗教事務研習營，[9]舉辦消災、超度法會等，亦積極參與佛教界各項活動。
[1] 依據淡水區公所登記的基本資料，興音寺建於此時，然香港寶蓮禪寺網站「臺北縣淡水區興音寺」之文中則言：「民國七十年初」，正確年代尚待再考證。
[2] 二人為師兄弟，依據內政部全國宗教資訊系統「興音寺∕歷史沿革」內容，此文內容與香港寶蓮禪寺網之文大同小異，後者未提及二人師兄弟之關係。http://religion.moi.gov.tw/web/04.aspx
[3] 解嚴後，隨著民國七十八年（1989）《人民團體法》的公告，佛教界藉此法源開展各種新組織，「中華佛寺協會」即為其中之。見江燦騰，《台灣佛教史》，頁331。
[4] 見「台灣大百科全書」網站之「中華佛寺協會」內文。
[5] 見江燦騰，《台灣佛教史》，頁331-333。
[6] 「以結合全國佛教寺院，發揮團體功能，整理教規、維護寺產、護持三寶、培育僧才、宣揚佛法，並配合政令，協助寺院建立組織制度，以興辦教育文化、慈善公益事業、福利社會為宗旨。」見「中華佛寺協會」網站「成立宗旨」，http://www.cbta.url.tw/5.HTM
[7] 2007年興音寺獲台北佛教會頒發年度冬令救濟績優團體寺院，見「佛緣網站」http://www.foyuan.net/article-17891-1.html
[8] 民國八十二年（1993），興音寺與「中華佛寺會」其他七間佛寺會員（千佛山菩提寺、高雄宏法寺、大社大覺寺、苗栗淨覺院、板橋宏法寺、三峽普賢寺、桃園法緣精舍）向教育部申請成立「財團法人佛寺文教基金會」，協助高雄私立啟英殘障小學，推動文化教育社會公益。見「台灣大百科全書」網站之「中華佛寺協會」內文。
[9]民國八十七年（1998），舉辦「興音寺兒童學佛營」。民國九十一年（2002），中華佛寺協會與真理大學合辦「宗教事務研習營」，興音寺協辦，提供食宿及講堂。見香港寶蓮禪寺網站「臺北縣淡水區興音寺」內文、漢學研究中心網站 「真理大學宗教系」《漢學研究》第21卷第4期（2002.11）學術活動 http://ccs.ncl.edu.tw/news79/page62.htm